COVID-19 jeb SARS-CoV-2



LV

Koronavīrusi (Coronaviridae)

Koronavīrusi ir RNS vīrusu saime, kas saistīta ar augšējo elpceļu infekcijām. Koronavīruss SARS-CoV-2 ir vienpavedienu RNS vīruss, kas pieder beta koronavīrusa grupai. Šobrīd tiek uzskatīts, ka SARS-CoV-2 koronavīruss ir rekombinants vīruss starp sikspārņu koronavīrusu un nezināmas izcelsmes koronavīrusu. SARS-CoV-2 ģenētiskā secība ir vairāk nekā 70% līdzīga SARS-CoV. Koronovīrusu izraisīta elpceļu vīrusu infekcija var būt gan asimptomātiska, gan dažreiz ar komplikācijām, klīniskās izpausmes atšķirās no viegla klepus līdz akūtai pneimonijai. Lielākā elpceļu vīrusu infekciju bīstamība ir cilvēkiem ar hroniskām slimībām, cilvēkiem gados, grūtniecēm un jaundzimušajiem. Lielākā daļa koronavīrusu veidu akūtu respiratoru vīrusu infekciju (ARVI) izraisa visa gada garumā, izņemot divus Betacoronavirus ģints pārstāvjus: SARS-CoV un MERS-CoV, kas ir smagas netipiskas pneimonijas izraisītāji un tiek iedalīti II patogenitātes grupā. 2020. gada 11. martā Pasaules Veselības organizācija paziņoja par jaunas koronavīrusa infekcijas COVID-19 (izsaucējs SARS-Cov-2) pandēmijas uzliesmojumu.

Noteikšanas metode

RNS reversā transkripcija ar sekojošu sintezēto cDNS fragmentu amplifikāciju reālā laikā ar polimerāzes ķēdes reakciju (RT-PCR); kvalitatīvā analīze. Tā kā nav iespējams izslēgt jaunu mutāciju rašanos SARS-CoV-2 koronavīrusa genomā, diagnostikas ticamības paaugstināšanai par mērķiem mūsu veiktā laboratorijas analīzē izvēlēti trīs genoma reģionu noteikšana: SARS-CoV-2 koronavīrusa N un E gēnu specifiskie reģioni, kā arī E gēna konservatīvais reģions, raksturīgs koronavīrusu grupai, un var būt kā izsaucējs atipiskai pneimonijai. BIOCON laboratorijas COVID-19 testēšanas pārskats sniedz atbildi uz SARS-CoV (E gēna konservatīvais reģions) un SARS-CoV-2 (N un E gēna SARS-CoV-2 specifiskie reģioni)klātbūtni paraugā. Ja atrasts SARS-CoV, tas nozīmē, ka atrasts koronovīrusa tipa ierosinātājs. Ja atrasts SARS-CoV-2 (gan N, gan E gēna specifiskie fragmenti), tas nozīmē, ka persona ir COVID-19 pozitīva.

Apšaubāms rezultāts iespējams, ja atrasts SARS-CoV-2 viena specifiskā gēna fragments (vai nu N, vai E.) Šajā gadījumā stājas spēkā ierobežojumi uz pašizolāciju un nepieciešams testu atkārtot.

Laboratoriskais COVID-19 reversās transkripcijas PĶR izmeklējums sniedz atbildi par konkrētā brīdī paņemtajā bioloģiskajā materiālā atrodamo vīrusa esamību/neesamību.

RU

Коронавирусы - большое семейство РНК-содержащих вирусов, вызывающих различные заболевания от ОРВИ до более тяжелых заболеваний, таких как ближневосточный респираторный синдром, вызываемый MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome coronavirus), и тяжелый острый респираторный синдром, вызываемый SARS-CoV (Severe acute respiratory syndrome coronavirus). Коронавирусы являются зоонозными, то есть они передаются между животными и людьми. Так, возможным источником вируса SARS-CoV были летучие мыши, а MERS-CoV – верблюды-дромадеры. В декабре 2019 г. были выявлены первые случаи заболеваний, вызванных новым коронавирусом, впоследствии получившим наименование SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, эквивалентные наименование: COVID-19 virus, 2019- nCoV, Wuhan seafood market pneumonia virus). Заболевание, вызываемое SARS-CoV-2 получило наименование COVID-19 (COrona VIrus Disease 2019, коронавирусное заболевание 2019).

Коронавирус SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечный РНК-содержащий вирус, относится к линии бета-коронавирусов. Коронавирус SARS-CoV-2 предположительно является рекомбинантным вирусом между коронавирусом летучих мышей и неизвестным по происхождению коронавирусом. Генетическая последовательность SARS-CoV-2 более чем на 70% сходна с последовательностью SARS- CoV. С середины января 2020 года в базе данных ГенБанк (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank) были представлены последовательности генома Wuhan seafood market pneumonia virus, а на сайте ВОЗ предоставлены промежуточные рекомендации по лабораторной диагностике нового коронавируса с использованием методов RealTime PCR .

Поскольку нельзя исключить возникновения новых мутаций в геноме коронавируса SARS-CoV-2, для повышения надежности диагностики в качестве мишеней выбраны три участка генома: специфичные для коронавируса SARS-CoV-2 участки гена N и гена E, а также консервативный участок гена E, общий для группы коронавирусов подобных SARS-CoV (включая SARS-CoV и SARS-CoV-2).